La docencia es una de las principales actividades académicas que se llevan a cabo en la FLACSO, desde 1998, la facultad ha ejecutado diversas maestrías y diplomados superiores. A partir de 2005 imparte un doctorado en ciencias sociales, en coordinación con las unidades académicas de la región centroamericana: FLACSO-Costa Rica y FLACSO-El Salvador.
Actualmente el Coordinador Académico de Docencia es el Mtro. Virgilio Enrique Reyes.
-Maestría en Ciencias Sociales
1a. Promoción Maestría en Ciencias Sociales
2a. Promoción Maestría en Ciencias Sociales
3a. Promoción Maestría en Ciencias Sociales
4a. Promoción Maestría en Ciencias Sociales
5a. Promoción Maestría en Ciencias Sociales
-Doctorado en Ciencias Sociales
1a. Promoción de Doctorado en Ciencias Sociales
2a. Promoción de Doctorado en Ciencias Sociales
-Diplomado Superior en Estudios de Género
-Diplomado para Jóvenes Indígenas sobre Liderazgo, Ciudadanía y Democracia.
