En los 24 años de presencia de la Facutad Latinoamericana de Ciencias Sociales FLACSO en Guatemala han sido 6 los directores de la misma.
| Nombre | Período | Cargo | Foto |
Lic. Edgar Balsells |
1986 |
Director del Proyecto FLACSO |
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Lic. Marío Aníbal Gonzáles |
1986 – 1988 |
Director del Proyecto FLACSO |
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| Dr. René Pointevin | 1989- 2000 | Director del Proyecto FLACSO y Sede Académica |
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Dr. Victor Gálvez Borrell |
2000 – 2008 |
Director de Sede Académica |
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| Mtra. Isabel Rodas | Enero – Junio 2008 |
Directora Interina Sede Académica |  |
Dr. Virgilio Álvarez Aragón |
2008-2012 |
Director de Sede Académica |
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Dra.Beatríz Zepeda 2012-actual Directora Sede Académica
